Antes de terminar la construcción del Ferrocarril Central Argentino, el Gobierno de la Nación en 1867 dispuso la elaboración de estudios de factibilidad de una línea que uniera Villa María y Río IV (Pcia. de Córdoba) con Villa Mercedes (Pcia. de San Luis) y la prolongación hasta Mendoza y San Juan, originando de tal forma el Ferrocarril Andino.

La construcción de este ferrocarril se inició a principios de 1870 por la empresa de Juan Simmons y fueron totalmente financiados por el Estado. En octubre de 1873 se realizó la apertura de la primera sección, hasta Río IV; y en 1875 se inauguró la línea hasta Villa Mercedes. Este ferrocarril de propiedad del Estado continuó expandiéndose; en 1882 llegó hasta la capital de San Luis y en 1885 hasta Mendoza y San Juan; quedando unidas entre sí las tres provincias cuyanas con la ciudad de Rosario, mediante el empalme de Villa María con el F.C. Argentino.

En octubre de 1882 se constituye en Londres la compañía "Ferrocarril de Buenos Aires al Pacífico" que había comprado los derechos de la concesión otorgada, para la construcción de un ferrocarril entre Mercedes (Pcia. de Buenos Aires) y Villa Mercedes (San Luis), a D. Juan E. Clark. En marzo de 1885 se habilita la primera sección de este ferrocarril de Mercedes a Chacabuco y se inaugura hasta Villa Mercedes en octubre de 1886. Finalmente, en 1888, se libró al servicio público la extensión de Mercedes a Palermo.

Por esa época, los trenes de este ferrocarril utilizaban la vía del F.C. Norte de Buenos Aires para llegar hasta la estación Central.

En 1887 el gobierno nacional le transfiere a la compañía de capitales británicos "Ferrocarril Gran Oeste Argentino" el Ferrocarril Andino comprendido entre Villa Mercedes, San Luis, Mendoza y San Juan; pasando a integrar, en 1907, la red del Ferrocarril de Buenos Aires al Pacífico.