La primera línea férrea en la región mesopotámica, inaugurada el 9 de julio de 1866, fue el Ferrocarril Primer Entrerriano, de Gualeguay a Puerto Ruiz (10 km). Se construyó por una empresa constituida por capitales argentinos que había obtenido la concesión del gobierno provincial; años más tarde, esta línea se incorporó al F. C. de Entre Ríos.

Mediante una ley de junio de 1833 se autorizó a la provincia de Entre Ríos a construir un ferrocarril que atravesara la provincia desde la ciudad de Paraná hasta la de Concepción del Uruguay. Esta línea se inauguró en 1887 con la denominación de Ferrocarril de Entre Ríos. Asimismo, contaba con un ramal a Villaguay, otro a Gualeguaychú y otro a Victoria. En el año 1829 fue adquirida por una empresa de capitales ingleses y tomó la denominación de Ferrocarril Central Entrerriano.

La línea de Concordia (Entre Ríos) a Monte Caseros (Corrientes), con un pequeño ramal a Ceibo, era explotada desde 1873 por el Ferrocarril Argentino del Este; había quedado detenida en aquel punto, contra el propósito de llevarla hasta Mercedes (Corrientes). Una ley nacional, del 4 de noviembre de 1886, acordó al Sr. Juan E. Clark la construcción y explotación de una línea de Monte Caseros a Corrientes y Posadas. En 1888, el Sr. Clark transfirió su concesión a la compañía británica "Ferrocarril Nordeste Argentino", que en 1890 inauguró la primera sección hasta Curuzú-Cuatiá.

El Ferrocarril Central Buenos Aires, anteriormente Ferrocarril Rural de la provincia de Buenos Aires, fundado con capitales privados argentinos, tuvo su origen en la concesión de un "tranvía rural", otorgada por la provincia en 1886 a D. Federico Lacroze. El tramo de Buenos Aires a Pilar se inauguró en 1888, y en el mismo año el ramal de Pilar a Zárate.

En 1896 una ley provincial autorizó su funcionamiento, cuando se habilitó definitivamente la línea a Pilar, con la denominación de Ferrocarril Central Buenos Aires. Este ferrocarril formalizó un convenio, en 1906, de tráfico común con el Ferrocarril Central Entrerriano, por medio del ferry-boat para transportar carga y pasajeros, estableciéndose, de tal forma, el tráfico ferroviario a través del río Paraná, entre Ibicuy (Entre Ríos) y Zárate (Buenos Aires).

La línea de Monte Caseros hacia Misiones que en 1902 llegó a Santo Tomé (Corrientes), continuando también por el Ferrocarril Nordeste Argentino, siguiendo la costa del río Uruguay, llegó en 1912, al inaugurarse el tramo Apóstoles-Posadas, a alcanzar la frontera Noreste del territorio argentino. Por ese entonces se hizo efectiva la autorización acordada a esta empresa para unir sus servicios, por medio del ferry-boat, sin trasbordo con el Ferrocarril Central del Paraguay.

De esta forma las provincias de Entre Ríos, Corrientes y Misiones quedaron incorporadas al sistema nacional cuyas líneas, bajo una administración común, integraban el F.C. General Urquiza.